" Purger le corps, fortifier le coeur, chasser l'impureté de l'air " tels sont les trois préceptes qu'emploie Marcellin Bompard, médecin clermontois du XVIIe s, pour se préserver de la peste. Selon lui, la peste se diffuse par l'air et la nourriture. Les contemporains n'ont de cesse de s'interroger sur l'origine des épidémies et maladies qui sévissent. Fléau de Dieu, air impur, mauvaise constitution des individus, eau souillée, tant d'hypothèses surgissent, se succèdent voire s'entrecroisent au fil du temps. Si l'on n'identifie pas les modes de transmission, l'empirisme fait que certaines méthodes de " traitement " s'avèrent efficaces.

Pour la peste, il s'agit d'abord de partir, et si ce n'est pas possible, que les individus porteurs de la maladie n'entrent pas en contact avec les autres. Les pestiférés sont soit enfermés dans leurs maisons, soit exilés dans des cabanes hors de l'enceinte de la ville et doivent porter des signes distinctifs. Les corps des malades sont emmenés par les " corbeaux " et sont enterrés hors les murs. Les médecins chargés de soigner les pestiférés ainsi que les corbeaux (ceux enterrant les morts) portent des tenues protectrices (masque, chapeau, …) et doivent eux aussi résider hors les murs. La mesure prophylactique consistant à interdire l'accès aux villes s'impose en période de peste. Les maisons où la maladie a été présente sont parfumées, encensées car l'idée de purifier l'air est récurrente. Les marchandises de voyageurs sont également parfumées, les caisses les transportant sont brûlées à l'instar des meubles des maisons. Par exemple, en 1565, la ville d'Aigueperse fait faire de grands feux, brûlant nuit et jour pour assainir l'air et chasser la maladie.

Concernant la lèpre, le tribunal de la Purge décide du sort des ladres. Si l'on ne peut les guérir, il faut avant tout protéger les gens sains. Pour ce faire, les lépreux n'ont le droit de fréquenter ni les autres personnes, ni les lieux susceptibles d'accueillir la foule (marchés, églises) ou d'entrer en contact avec les aliments (fours, fontaines, rivières). Ils doivent porter des signes visibles avertissant de la maladie (crécelle ou cliquette, tonnelet ou baril servant à faire l'aumône bien distinct du verre ou hanap dans lequel ils ont le droit de boire uniquement). A partir des XIIe et XIIIe s, les autorités décident de créer des maladreries destinées à accueillir les lépreux. Les léproseries perdurent jusqu'au XVIIe s.

Des recettes médicinales fleurissent également, avec plus ou moins d'efficacité. Cependant, peu à peu, la médecine progresse et de nombreuses maladies sont soignées. L'hygiène fait également des progrès notables. On se soucie de la salubrité des rues, de l'eau,… afin de prévenir les épidémies et les différentes maladies. Le XIXe s. voit aussi la fin des grandes carences alimentaires, et par là une population beaucoup plus robuste.

Autre progrès notable : l'apparition de la vaccination. La notion d'immunité commence à voir le jour au XIXe s. et l'idée que l'inoculation d'un germe atténué peut aider l'organisme à se défendre contre lui. En 1800, un français est ainsi vacciné contre la variole.