Des chroniques médiévales aux rapports de médecins établis pour les autorités locales, la maladie relevant pourtant de l'intime à l'origine, suscite un intérêt majeur pour la société. Elle induit des pratiques nouvelles, des comportements sociaux, des réactions humaines plus ou moins adaptées. De la création d'institutions à la réglementation de professions, elle participe finalement à la structure de la société.

Parmi toutes les maladies qui ont sévi à diverses époques, la peste occupe une place sans commune mesure dans les mentalités. Sa violence et ses conséquences dévastatrices ont laissé une empreinte durable dans la société et son rapport à la maladie contagieuse. L'Auvergne n'est pas épargnée par les différentes épidémies. Preuve en est, dès le Moyen Âge, un document témoigne que le département du Puy-de-Dôme a été touché par la peste noire de 1347-1348 (en 1383, toute l'Auvergne est touchée). Ainsi, la peste, ou du moins les pestes (les contemporains qualifient de peste certaines maladies contagieuses non identifiées) sévissent au cours des siècles pour disparaître au XVIIIe s. de manière durable.

Autre maladie terrorisante : la lèpre. Elle apparaît en Auvergne dès le XIIe s. Les archives du tribunal de la Purge - institution unique en France implantée à Montferrand renseignent sur la maladie et ses symptômes. Chargé de juger les ladres, le tribunal (les consuls de Montferrand agissant au nom du roi), fait procéder à des visites médicales, suite le plus souvent à des dénonciations, afin de vérifier si la personne est véritablement atteinte de la maladie. Les médecins et chirurgiens-barbiers auscultent les individus " entachés ou soupçonnés de lèpre ". L'examen est minutieux : après avoir observé le visage du malade et repéré d'éventuelles lésions, le corps est examiné et palpé. La saignée effectuée par le chirurgien-barbier permet d'étudier l'aspect du sang. Par exemple, en 1494, l'examen du prêtre d'Herment révèle entre autres des " pieds avec insensibilité, et corruption de forme et de figure " et se conclut par une déclaration d'atteinte de lèpre.

La fascination exercée par ces deux fléaux majeurs ne doit pas faire oublier les maladies " ordinaires " inscrites dans le quotidien de l'Homme. La peste, archétype de la maladie contagieuse, n'occulte pas les grippes, diphtéries, dysenteries, tuberculose et affections infantiles meurtrières par le passé, sans oublier le choléra. Si ce dernier n'est identifié qu'au XIXe s., les symptômes des épidémies de dysenterie aux siècles précédents lui sont similaires. Ainsi, Ambroise Paré décrivant une épidémie de dysenterie en Auvergne en 1546 écrit : " Cette maladie frappait riches ou pauvres, robustes ou débiles. Les symptômes : fièvre, douleur de tête, pesanteur du corps, grand délire. La mort survient en 2 à 3 jours ".

Outre les conséquences humaines dramatiques, les questions de santé révèlent aussi des enjeux économiques ou politiques. La production est désorganisée et les épidémies coûtent cher aux communautés d'habitants. Exemples de conséquences économiques, le témoignage de la grande peste qui a sévi en 1348 à Clermont relate l'impossibilité d'organiser l'aumône de l'Ascension faute de trouver suffisamment de personnes capables de donner de l'argent. Un siècle plus tard, le roi Charles VII accorde une réduction d'impôt de 300 livres à Clermont en raison du grand nombre de morts de la peste. Sur le plan politique, Clermont, Montferrand et Riom n'hésitent pas à régler leurs comptes dès que des mesures prophylactiques doivent être prises.

" Purger le corps, fortifier le coeur, chasser l'impureté de l'air " tels sont les trois préceptes qu'emploie Marcellin Bompard, médecin clermontois du XVIIe s, pour se préserver de la peste. Selon lui, la peste se diffuse par l'air et la nourriture. Les contemporains n'ont de cesse de s'interroger sur l'origine des épidémies et maladies qui sévissent. Fléau de Dieu, air impur, mauvaise constitution des individus, eau souillée, tant d'hypothèses surgissent, se succèdent voire s'entrecroisent au fil du temps. Si l'on n'identifie pas les modes de transmission, l'empirisme fait que certaines méthodes de " traitement " s'avèrent efficaces.

Pour la peste, il s'agit d'abord de partir, et si ce n'est pas possible, que les individus porteurs de la maladie n'entrent pas en contact avec les autres. Les pestiférés sont soit enfermés dans leurs maisons, soit exilés dans des cabanes hors de l'enceinte de la ville et doivent porter des signes distinctifs. Les corps des malades sont emmenés par les " corbeaux " et sont enterrés hors les murs. Les médecins chargés de soigner les pestiférés ainsi que les corbeaux (ceux enterrant les morts) portent des tenues protectrices (masque, chapeau, …) et doivent eux aussi résider hors les murs. La mesure prophylactique consistant à interdire l'accès aux villes s'impose en période de peste. Les maisons où la maladie a été présente sont parfumées, encensées car l'idée de purifier l'air est récurrente. Les marchandises de voyageurs sont également parfumées, les caisses les transportant sont brûlées à l'instar des meubles des maisons. Par exemple, en 1565, la ville d'Aigueperse fait faire de grands feux, brûlant nuit et jour pour assainir l'air et chasser la maladie.

Concernant la lèpre, le tribunal de la Purge décide du sort des ladres. Si l'on ne peut les guérir, il faut avant tout protéger les gens sains. Pour ce faire, les lépreux n'ont le droit de fréquenter ni les autres personnes, ni les lieux susceptibles d'accueillir la foule (marchés, églises) ou d'entrer en contact avec les aliments (fours, fontaines, rivières). Ils doivent porter des signes visibles avertissant de la maladie (crécelle ou cliquette, tonnelet ou baril servant à faire l'aumône bien distinct du verre ou hanap dans lequel ils ont le droit de boire uniquement). A partir des XIIe et XIIIe s, les autorités décident de créer des maladreries destinées à accueillir les lépreux. Les léproseries perdurent jusqu'au XVIIe s.

Des recettes médicinales fleurissent également, avec plus ou moins d'efficacité. Cependant, peu à peu, la médecine progresse et de nombreuses maladies sont soignées. L'hygiène fait également des progrès notables. On se soucie de la salubrité des rues, de l'eau,… afin de prévenir les épidémies et les différentes maladies. Le XIXe s. voit aussi la fin des grandes carences alimentaires, et par là une population beaucoup plus robuste.

Autre progrès notable : l'apparition de la vaccination. La notion d'immunité commence à voir le jour au XIXe s. et l'idée que l'inoculation d'un germe atténué peut aider l'organisme à se défendre contre lui. En 1800, un français est ainsi vacciné contre la variole.

Les dates de créations d'hôpitaux dans le Puy-de-Dôme demeurent incertaines. Les établissements les plus anciens remontent au VIIIe s. Aux XIIIe et XIVe s. les documents attestent de l'existence d'hôpitaux à Clermont-Ferrand, dans les villes avoisinantes, mais aussi sur les lieux de passage comme la Moreno (Mort Raynaud à l'époque). La lèpre a joué un rôle important dans la décision de créer des établissements de santé. Dès le XIIe s., apparaissent les maladreries d'Herbet, de Durtol et d'Enval. En effet, les autorités décident de construire des maladreries ou léproseries dans un souci manifeste d'hygiène et de santé publique. Il s'agit d'abord d'isoler les lépreux, d'empêcher que la maladie se propage et de tenter de les soigner. Ces établissements sont dotés de jardins, cimetières et églises, recréant ainsi une micro société.

Au Moyen Âge et à l'époque moderne une multitude d'hospices cohabitent. La dimension médicale existe mais le principal souci est de fournir des secours aux pauvres. L'aspect charitable est privilégié. La plupart des établissements sont fondés et fonctionnent grâce aux legs et aux donations de personnes aisées. On accueille pauvres et malades et on leur offre le gîte, le couvert et des soins.

La pauvreté s'étend dans les villes entraînant le développement de nombreux hôpitaux. L'Eglise s'occupe seule des pauvres. Progressivement, les municipalités prennent le relais, financent les établissements, passent des contrats avec les personnes chargées de gérer l'hospice. Dans la deuxième moitié du XVIe s., le pouvoir royal exerce un droit de contrôle sur l'ensemble des hôpitaux. Cette préoccupation est à mettre en relation avec le développement de la pauvreté et le danger qu'elle représente pour la société. L'image du pauvre se dégrade, et au XVIIe s., on ne voit plus qu'un individu paresseux, fauteur de troubles et dangereux.

L'Etat durcit sa politique et décide l'enfermement des pauvres. Pour cela, en 1656, il crée par un édit royal l'Hôpital Général de Paris destiné à enfermer " les pauvres, mendiants valides et malades… pour être employés aux ouvrages, manufactures et autres travaux. ". En 1657, l'Hôpital Général de Clermont est créé.

Parallèlement, une fusion s'opère entre les différents hôpitaux. En 1538, les hôpitaux Saint Priest, Saint-Esprit, Saint-Adjutor sont réunis. Au XVIIe s., Louis XIV ordonne la fermeture des maladreries. Les différents hôpitaux de Clermont-Ferrand sont disséminés dans la ville à l'intérieur des murs, mais le progrès des conceptions médicales et hygiénistes, fait que peu à peu les établissements sont installés à l'extérieur des villes. Ainsi, les malades qui s'y trouvent profitent d'une meilleure ventilation, de plus de lumière et de jardins. L'Hôtel-Dieu est édifié entre 1767 et 1773 à son emplacement actuel et les travaux continuent au XIXe s.

La distribution des médicaments est confiée aux hôpitaux en milieu urbain, et à la campagne à des personnes qualifiées (religieuses, personnes ayant des connaissances botaniques ou médicales, personnes s'occupant de la charité…). Les connaissances en anatomie progressent à partir du XVIIe s. D'une part, les chirurgiens-barbiers pratiquent des dissections. Celles-ci sont très limitées et contrôlées, et les autorités locales se plaignent fréquemment des vols de cadavres par les étudiants en médecine. D'autre part, les ouvrages d'anatomie impulsés au XVIe s. et largement diffusés à l'époque des Lumières contribuent à une meilleure connaissance du corps humain. La chirurgie fait des progrès notables qui se poursuivent et s'accentuent au XIXe s.